左宗棠从开化前进到遂安，于3月6日一战攻下遂安城，歼敌1万人。此战之后不久，他接到友人夏炘的来信，信中把左宗棠和当时战场上的其他将领做了一个明确的对比。夏炘说，其他官军部队作战很像太平军，攻下一座城市以后，马上继续前进，很少关心或完全漠视该城居民的命运。官军一走，太平军接踵占领该城，市民们的境遇将会怎样？但是左宗棠不同。他离开乐平作战前行，太平军未能重新占领任何城镇，于是在他的部队管辖的地区，居民就有了在这场战争中未曾享有的安全感。他提醒左宗棠不要忘记后方，不要推进太快，避免太平军再次破坏他已收复的地区。
左宗棠在遂安取得的胜利显然促使他试图改变原订方案，他必须确保衢州没有马上陷落的危险。他在给皇帝的一份奏折中写道：
查浙江大局披离，恢复之效未可骤期，进兵之路最宜详审。浙省列郡仅存衢州、温州，其湖州一府、海宁一州孤悬贼中，存亡莫卜。此时官军从衢州入手，则坚城林立，既阻其前，金、严踞贼，复挠其后，孤军深入，饷道中梗，断无自全之理。无论首逆李世贤正图窥犯衢州、江山，臣军已由遂安回援，目前不能舍衢前进也。金华介衢、严之中，坚城贼众。臣军若由金华进攻，则严州之贼必由淳、寿一带潜出包抄，亦非善策。善弈者置子四旁，渐进中央，未有孤立贼中而能善其后者。似臣军救浙，必须依傍徽郡，取道严州，较为稳妥。
这个计划得到了皇帝的批准。上谕写道：
左宗棠所筹依傍徽郡，取道严州之策，自系实有见地。即着相机迅解衢围，即图进取，毋令贼踪蹑阻，并勿蹈轻进之失，方为妥善。
然而，左宗棠发现他必须改变这个方案。太平军在遂安失利以后，侍王从金华派出大部队，从衢州境内穿过，占领了江山和常山，声言要攻取广信，突进江西。左宗棠在遂安留下一支驻军，于3月18日向浙赣边境开拔。3月20日，他在常山击败敌军，第二天又在招贤击败敌军。他的给养不足了，他暂不攻击江山，等待给养得到补充。
对江山的进攻于4月13日发起。太平军未作大的抵抗就放弃了县城。左军行动迅猛，拿下县城，冲向敌军后方，差一点抓到了侍王。太平军南下石门。左宗棠追了上去，于4月16日将敌军从石门赶跑。但是太平军于17日发动反攻，把左军从城内赶走。左宗棠设法稳住阵脚，于21日一战再得石门。第二天太平军又来反攻，被左军击退。侍王于23日起程，返回金华。他的部队分布在龙游、兰溪和寿昌。［6］
左宗棠现在决定将太平军从衢州周边赶走。这时他接到情报：太平军一支主力从安徽向遂安推进。左宗棠于4月30日移扎开化，派刘典率一支分遣军去察看太平军到底要干什么。太平军显然不如情报中所说的那么强大，他们缩回安徽，奔向宁国。
5月和6月，左宗棠集结分散在各地的浙江清军，进行整编。他主要依靠湘军，但他必须按照湘军的模式来整编浙江清军。6月底，他向衢州境内的太平军发起攻击。太平军已经包围衢州达数月之久，在距离城墙不远处树立了几道壁垒。左宗棠在7月1日攻占了30座壁垒，太平军撤掉了对衢州的包围。
其他战场也取得了若干胜利。曾国荃的部队于1862年5月31日开到了南京城下，开始了对太平天国首都的最后围攻。在英国人和法国人的协助下，清军于5月份收复了宁波。不过，浙江北部的湖州被太平军于围攻2年之后攻占。在此之前，赵景贤以罕见的勇气和决心保住了湖州。现在他被捕了，被押送到苏州处死，这是被太平军抓获的所有清朝官员逃不脱的命运。如果像赵景贤这样的官员多一些，太平军很难取得如此大的进展。
左宗棠的第二个目标是严州。这座城市位于新安江和钱塘江的交会处，控扼从新安江到徽州的道路。左宗棠考虑过翻山越岭，取道寿昌，但他最后决定沿钱塘江而下。他所遇到的第一道屏障是位于衢州以东不远处的龙游，这里有敌军重兵把守。
左宗棠于7月初向龙游推进，可是侍王集结重兵向遂安攻击。左宗棠担心太平军会从遂安和婺源杀进江西，于是派出4000人增援遂安，又另派分遣队前往常山和马金街，以增援驻守这些地方的小部队。
从7月14日到16日，侍王倾力攻击遂安，但他仍被击退，缩回金华。左宗棠对龙游的攻击起初并不十分顺利，但在8月份他逐渐地包围了这座城市。9月22日，他发起了一场攻袭，可是遭到重挫。第二天，从兰溪开来大股太平军，增援龙游守军。左宗棠没有等着挨打，而是主动向敌军援兵出击。《年谱》作者说，他身先士卒，有4个小时置身于战斗最激烈的地方。敌军受挫，返回兰溪。
在龙游周边的作战中，也许是在9月23日的战斗中，左宗棠的2名将领林福祥和米兴朝临阵逃脱。他逮捕了这两名逃将，建议皇帝将他们处以极刑。皇帝批准了他的建议，两名逃将被立即斩首。这就是新任浙江巡抚的脾气！
9月份的作战是从宁波向杭州方向推进。协同官军作战的有华尔指挥的“常胜军”；还有一支以类似办法组建的法中混合军，由法官指挥；还有从英法军舰上派出的部队。9月21日，清廷一方的军队攻克了宁波附近的慈溪，但是“常胜军”的创建者阵亡。弗雷德里克·汤森·华尔才干超群，勇气过人，在半个世纪内，外国人，甚至他的美国同胞，都倾向于把他当作一个动机可疑的冒险家，为此而不免心怀歉意。一些著作赞美“常胜军”的功绩，其中只是附带地提到华尔的名字。在一些概述太平天国运动的著作中，用了不少篇幅介绍“常胜军”，但对华尔通常只是一笔带过。“常胜军”的功绩牵扯到该军指挥官的名字，却极少提到他的才华。没有华尔，这样一支军队是不可想象的，更不可能形成如此威猛有效的战斗力。
1860年，华尔由一支200名外国人组成的部队起步，他的部下是上海的一群流氓。他的第一次作战是在松江，被打得落花流水，于是他改变了战法。他从松江战败的幸存者中挑选最好的人才当军官，包括非正式任命的军官，开始招募中国人，组建新的部队。他既要驾驭充满冒险精神的桀骜不驯的外国人，又要管理好中国士兵，在这两方面他都获得了显著的成功。他组建的这支部队被中国人称为“常胜军”。他有非凡的组织才能，而且韬略在胸。很少能有外国人在如此短的时间内赢得中国人的信任，或者能让他们以生死相托。他的动机纯然是为了投机，他的成就创下了纪录。我们无须为他道歉，只是为他充满希望的生涯那么快就中断了而感到遗憾。
华尔阵亡以后，“常胜军”回到了江苏，但法中混合军继续在浙江作战，为左宗棠勤勉效力，为肃清浙江北部海滨和攻克杭州出力甚多。这支军队起初由勒伯勒乐指挥，此人于1862年11月28日在上虞阵亡；塔第夫·德·买忒勒继任指挥，此人又于几个月后阵亡，最后由保尔·德克碑任指挥官。［7］
左宗棠继续龙游周边的作战，没有取得显著的成效。10月17日，他试图在汤溪城附近扭转局面，结果大败。《年谱》作者很少提及官军在这些战斗中的损失。对于汤溪之战，他只是提到死亡抚恤金高达7000多两银子。
左宗棠于11月1日成功地攻下了控扼龙游的塔岭，于8日再次对龙游发起攻击，被守军击退，损失700人。他从俘虏口中得知侍王已经离开金华，去了江苏的溧阳。也许就是因为他的北上，皖南的太平军变得十分活跃。鲍超在不久前攻克了宁国，现在又被赶出了宁国城。另一支太平军威胁徽州。
这时候，浙江布政使蒋益澧指挥左宗棠的部分军队。他的级别仅次于浙江巡抚。安徽的局势令身在安庆的曾国藩大为不安，他写信给蒋益澧，请他的部队开进安徽增援鲍超。左宗棠向徽州派出了增援部队，但没有把蒋益澧派去。曾国藩为此频频致函，但左宗棠不允许蒋益澧离开龙游。最后，他写信给曾国藩说：浙江需要蒋益澧。这件事并没有改善曾左之间的关系，曾国藩对左宗棠的答复很好地说明了中国人在这种情况下的礼貌。他写道：
芗泉军之不能援宁，弟亦深知之。前接重九日惠缄，即不复思芗泉来皖。及至鲍、张粮路梗绝之时，又不克自持而书缄奉商，不仅此次然也。弟当军事危迫之际，明知事不能行，每每不自持而陈说及之。胡润帅昔年亦多不自持之时，独阁下向无此失，从未出决办不到之主意，未发强人以难之公牍，故知贤于弟等远矣。
最令曾国藩焦虑的是太平军当时对南京城下的曾国荃所部进行的持续46天的猛烈攻击。太平军放弃为南京解围的企图之后，开始涌入皖南。左宗棠不得不延缓他在浙江的作战，大力增援徽州，那时太平军已经逼近绩溪城外。徽州驻军得到增援，于1862年12月19日将敌军从绩溪赶走。
左宗棠被阻于龙游城下的时候，发现严州的太平军麻痹大意，应变措施不力。他派出一支部队沿江而下，如迅雷一般奔袭，于1863年1月2日夜间出其不意地攻进严州，消灭敌军2000人，夺得严州城。安徽的太平军攻下了祁门，通往江西景德镇的门户洞开。左宗棠不得不让他的部队冒一次险，派刘典前往景德镇收拾局面。或许不久前掉了脑袋的两名逃将起了样板的作用，刘典还未抵达指定战场，左宗棠的手下大将王文瑞已经夺回了祁门。刘典立即返回浙江。［8］
左宗棠在试图克复龙游的同时，也在围攻汤溪，此地位于龙游与金华之间。蒋益澧指挥汤溪的作战，攻打了几个星期之后，他要求放弃汤溪，先攻金华。左宗棠对他说：你进攻汤溪3个月，一无所获。你没有按照我的命令行事。你得拿点成绩出来了，在攻克汤溪之前不许离开。不论时间长短，你得打下汤溪，才能向金华进军。